過磷酸鈣和鈣鎂磷肥雖然都屬化學磷肥，但其化學成份與物理性質卻截然不同，前者為白色或灰白色粉末，有吸濕性和腐蝕性，含磷量約16%-18%，屬酸性化學磷肥；而后者為灰色或暗綠色，不吸濕不結塊，可以經久存放，含磷量約14%-18%，屬堿性化學肥料，因此在使用上有很大的不同。
一、適施的土壤不同。過磷酸鈣呈酸性反應，施在石灰性和中性土壤中，大都能生成被作物吸收的鹽類，而施入酸性土壤中，其主要成份磷酸一鈣，則與土壤中的游離鐵、鋁離子發生交換反應，形成不溶性磷酸鹽類、因此它特別要求與有機肥混合施用和集中施于根系密集區，以減少同土壤的接觸。而鈣鎂磷肥宜施入微酸性或酸性土壤中，效果好，作基肥全層深施，加速有效磷的釋放，利于作物吸收利用。
二、肥效有快慢。過磷酸鈣為水溶性磷肥，肥效來得快，既可作基肥，又可作早期追肥或根外追肥。而鈣鎂磷肥為枸溶性磷肥，肥效來得慢，在一般情況下，它的施用時間好比過磷酸鈣提前1-2個月，宜作基肥一次性施下，作根外追肥，作物葉面不易吸收，因而效果差。兩種磷肥所含的有效磷相差不多，但由于鈣鎂磷肥肥效慢、肥效長，因此一次性施用量要比過磷酸鈣增加50%。可采用隔年施的辦法，以提高利用率。
三、這兩種磷肥因酸堿度不同，因而不能混合施用。過磷酸鈣不宜與石灰、草木灰等堿性肥料混合施用，鈣鎂磷肥不能與硫酸銨、氯化銨等酸性肥料混合使用，以免發生化學反應而降低肥效。過磷酸鈣含有大量的硫酸鈣，在缺硫的土壤中施用有補充硫營養的作用；而鈣鎂磷肥則具有供給作物鈣、硅等元素的能力，因此在喜鈣的豆科作物和需硅的水稻、小麥上施用，效果會更好。
四、耐貯性不同。過磷酸鈣易吸濕回潮結塊、有腐蝕性，如貯藏時間長，一部分水溶性磷便會轉變為難溶性磷，且濕度、溫度越高，這種轉變速度越快。而鈣鎂磷肥不吸濕結塊，無腐蝕性、耐貯藏。因此，提倡過磷酸鈣現購現用，在需要貯備磷肥時，宜選購鈣鎂磷肥。
